电影《菊次郎的夏天》以独特的儿童视角展开。虽然你可能没看过这部电影，但你一定听过它的主题曲——《菊次郎的夏天》。这部电影主要讲述了正男这个失去父亲的小学生的故事。
影片的主线人物正男是一个小学生，他从小就失去了父亲。在假期来临时，他的同学们都和父母一起出去玩了，而正男却没有人可以带他出去。在回家的路上，正男遇见了以前的邻居——菊次郎和他的妻子。在两人的对话中，我们得知正男是一个比较阴沉的孩子。
回到家的正男看着西瓜却没有胃口。婆婆安慰他说，等他长大了，就可以随心所欲地去任何地方了。然而，正男还是一脸不开心的样子。看着朋友们都去旅行了，正男更加失望地回了家。在找印章的过程中，正男发现了妈妈和婆婆的合照。根据照片上的地址，正男决定去找妈妈。
他带上了自己的零花钱和作业，开始了寻亲之旅。在路上，他遇到了几个小混混，他们想抢走他的钱。幸好菊次郎路过，把他们教训了一顿。从此，菊次郎正式登场。当正男告诉他要一个人去找妈妈时，妻子让游手好闲的菊次郎带着他去找妈妈。妻子还给了他们五万日元作为路费。
拿到钱后，菊次郎带着正男去参加了一场自行车比赛，结果输光了所有的钱。心情郁闷的菊次郎一个人去吃烤肉，结果发现正男不见了。
得知正男被一个陌生男人带走了，菊次郎找到了他，并教训了那个男人。
当司机离开时，菊次郎开着车，结果车子很快就抛锚了。两人开始步行，最终来到了一家酒店。在酒店里，他们买了新衣服，还打算去游泳。正男看到了菊次郎背后的纹身，心里有些害怕。菊次郎去游泳了，结果吸引了一群人的注意。
在晚上，正男想起了菊次郎背后的纹身，他觉得那是鬼怪的象征。在酒店里，他们吃喝玩乐了几天。最后，菊次郎死赖着酒店前台，让他送他们一程。前台小哥把他们送到一个有顺风车的地方，还给了正男一些钱，欢迎他们再来住酒店。
当正男想拦车时，女生不忍心拒绝他，就送了他们一程。在玩耍的过程中，正男变得开心了起来。菊次郎模仿橘子姐姐，但他总是学不会。在玩耍结束后，两人道别，正男继续了自己的旅程。见正男拦不到车，菊次郎开始装瞎子。结果，傍晚时分，正男翻阅母亲的照片。这时，菊次郎得知，正男和他一样，从来没有见过自己的母亲。天亮了，由于搭不到车，他们开始步行。
迫于想搭顺风车的两人开始动起歪心思，想扎坏别人的轮胎，让别人不得不求助他们，从而让他们搭车。然而，正男一转头，却看到了车子的主人。最终，车主决定送他们到目的地。站在母亲房子面前，正男却又不肯靠近，只能远远的看着。菊次郎还没走近，却看到里面有个女人出来了。正男依旧远远的观望着，看着正男的妈妈，已经有了一个完美和谐的新家。菊次郎只能带着正男黯然离去。
两人一起来到海边，他安抚着正男的情绪。海风一吹，心有不甘的菊次郎还是想折返回去质问女子，但最终还是放弃了。最后，菊次郎只带回了一个在路边抢到的天使之铃，告诉正男这是他母亲送给他的。他当然知道靠这个风铃是无法见到正男妈妈的，但这个风铃日后必将成为正男孤独成长的最好养分。于是，菊次郎和正男就踏上了回家之旅。
两人回家途中闯入夏日祭，菊次郎便带着正男大玩特玩，完全不遵守人家的规定。最终，他们被一顿暴打。菊次郎在神祭会离开时，正男又进入了梦境，但更多的是缺乏安全感的恐惧。也表现出正男逐渐开始对菊次郎产生依赖，看见菊次郎身上是伤，正男就跑去买药回来给他擦。而菊次郎心里也一点没有怪正男。
两人走到一处地里去偷玉米，碰到送他们到达目的地的好人哥哥。菊次郎给他讲述了正男的遭遇。为了开解正男，几人决定出去露营几天。三人来到一个小河边，又碰到前来的胖仔和光头。他们听说了正男的故事，看着他钓不上来鱼，于是两人扮成鱼给正男钓。肥仔和光头男一个扮演鸡泡鱼一个扮演八爪鱼。
看着正男的遭遇，菊次郎决定也去看看自己那素未谋面的母亲。他来到养老院，但只敢远远的看着，不敢说一句话。菊次郎最终与过去的自己和解了。他们陪着正男一起玩游戏，扮演印第安人。到夜晚，他们还扮演外星人，一起吃偷来的西瓜，一起玩木头人，一起荡秋千。
玩了几天之后，肥仔和光头准备离开了。看着天上的北斗七星，他们变成了与他做游戏的各色人物。表现出最后，菊次郎和正男也放下了戒备，被大家的真诚所打动。
再见先生。在与胖仔和光头男分别之后，他们二人也跟坏球旅行的好人哥哥分别。
菊次郎与正男要在此处分离，菊次郎也与正男相约下一次再继续找去妈妈。正男在众人的帮助和鼓励下变得更加乐观自信。
影片的最后，大家才会知道，其实菊次郎就是那个大叔。大叔与小孩的相互救赎虽然平淡，但也非常治愈。
